Zwei Laser Methode: ja, klar, warum nicht.
Oder ein Lot aufhängen (Dreibein, sonstige Hilfskonstruktion, Helfer...) wenige cm neben da wo das Loch sein soll und die Ausrichtung des Bohrers dagegen peilen.
Die Idee mit Loch im Übermaß zum besseren Ausrichten ist auch gut.
Die Oberfläche des Stamms würde ich persönlich wenn ich deine Anforderung mit der Patina richtig verstehe satt mit Öl tränken (Leinöl / Leinölfirnis), mehrere Wochen trocknen/aushärten lassen und dann den Stab mit Holzkeilen fixieren und ausrichten und den Rand des Loches mit Silikon oder Acryl abdichten. Achte darauf, dass dein Dichtstoff UV-beständig ist. Jedes Jahr mal ein paar Teelöffel Öl nachlegen, alle paar Jahre die Dichtmasse wechseln und deine Erben haben immer noch was davon.
Zwecks konstruktivem Holzschutz wäre es hier sogar positiv, wenn die Oberfläche des Stumpfes nicht waagrecht sondern schön schief ist. Es könnte sich auch lohnen, vor dem Ölen die gröbsten Unebenheiten mit einem Hobel zu glätten.