Nachteilig ist beim Li Ionen Akku die sehr starke Empfindlichkeit gegenüber Tiefentladung, Überladung und zu hohen Temperaturen. In der Praxis ist dies allerdings nur selten ein relevantes Problem, da fast alle Lithium Ionen Akkus bereits eine Steuerelektronik integriert haben, die alle negativen Einflüsse von außen vor dem Akku abschirmt. Das gilt zumindest für alle Li Ionen Akkus die in Consumer Elektronik verbaut werden und Werksmäßig mit dem Gerät (z.B. Handy, Notebook etc.) geliefert werden. Hat man allerdings LiIon Akkus ohne entsprechende Elektronik, sollte man unbedingt darauf achten die Akkus nur mit speziellen, für Li Ionen Akkus vorgesehenen Ladestationen zu laden. Diese Ladegeräte arbeiten nach dem CCCV (constant current, constant voltage) Prinzip und haben eine Elektronik integriert, die eine Überladung des Lithiom Ionen Akkus verhindern.
Ein weiter Nachteil von LiIon Akkus ist die relativ hohe Empfindlichkeit gegen zu hohe oder zu niedrige Temperaturen. Idealer Temperaturbereich zur Nutzung von Lithium Ionen Akkus ist zwischen +5°C und etwa +35°C anzusiedeln. Gerade bei tiefen Temperaturen unter dem Gefrierpunkt lässt die Leistung der Li Ionen Akkus sehr stark nach und sollte bei regelmäßiger, geplanter Nutzung vor dem Kauf beachtet werden. Es gibt allerdings auch Lithium Ionen Akkus, die speziell für niedrige Temperaturen bis
-50°C konzipiert sind um auch in Extremsituationen genügend Leistung zu bringen.